Ekologické zemědělství je vytvoření samostatné, uzavřené jednotky – ekofarmy. Jednotka, která se rozhodla, že bude podnikat v ekologickém režimu musí podat žádost o registraci na Ministerstvo zemědělství.

Každá jednotka podnikající v režimu ekologického zemědělství musí mít uzavřenou smlouvu s některou z kontrolních organizací. Kontrolní organizace provádí kontroly na základě kterých pak uděluje certifikaci na ekoprodukty. Pro udělení titulu ekologického zemědělce je nutné úspěšně zvládnout vstupní kontrolu a plnit podmínky ekologického zemědělství v přechodném období. Jako přechodné období lze označit jako období přechodu z konvenčního zemědělství na ekologické.